游戏中海上的航行分为手动航行跟自动航行，手动航行适合于区域开拓，新港口发现，港口到沉船、宝藏点的航行操作，非航线港（或补给港口）与野外营地、渔场的航行操作，配置好水手，规划好船舱并配备好补给，就可以出海航行，速度受风向与风力影响，具体可以查看相关的帮助助信息。
这里需要给没玩过航海类游戏的同学科普一下基本的航海知识，船只在海上航行状态时，在没有指定新的方向的时候会自动走直线，
在操作指定新的方向的时候，船只会先转向到新指定的方向再走直线，尤其是超过90度的转向，必定是有延迟而并非直接就可以走你指定的方向的，因为我们都在一个上帝视角来玩游戏，并不是驾驶的视角，并且非航海类的游戏也没有这种概念（自动直线与转向延迟），所以常常会玩不明白，
尤其在海战中打炮战的时候，往往会没反应过来调整侧舷开炮而直接冲过去打白兵战的情况，
所以再次强调，船只自动走直线，转向必定有延迟。
当你的船配置了测绘室，任命船员，在已经发现的港口，并有相应的航线图后，就可以通过规划航线的功能实现自动航行，
在海上的航行速度比同线路的手动航行要快，自动航行距离的远近视测绘室船员测绘等级的高低。自动航行还可以设定多个地点，那样在到途径地点的时候，系统会自动买给养，从而免除了进港口补给再出港的操作，在远洋航行的时候尤其方便。
在海上航行时会遇到其它的NPC舰队，在危险海域最高级时还会有海盗首领的舰队，
在遇到这些舰队时可以通过交涉（需要在副官室并任命副官）以物换物或通过开战的形式进行交互，部份特殊的工艺图纸、航线图，特殊装备甚至船员沈仕的专属任务（交涉）均需要通过这种交互获得。
